Ngày 20 tháng 01 năm 1999, tức ngày mồng 4 tháng Chạp năm Mậu Dần, nghệ sĩ Khánh Linh bị chấn thương sọ não trong một vụ tai nạn giao thông, anh được đưa đến cấp cứu ở bệnh viện Chợ Rẫy, nghệ sĩ Vũ Linh hay tin lập tức chạy đến lo tiền để anh phẫu thuật. Hồi 15 giờ 20 phút cùng ngày, Khánh Linh qua đời do vết thương quá nặng, hưởng dương 35 tuổi[7] Tang lễ của anh được tổ chức ở Hội Nghệ Sĩ Ái Hữu đường Cô Bắc, thi hài anh được an táng tại nghĩa trang chùa nghệ sĩ quận Gò Vấp.